佛罗里达大西洋大学拥有19支大学体育代表队，其中佛罗里达大西洋猫头鹰队已经成为全美大学体育协会最高级别的美式足球队伍。大学的体育课程开设于1979年，学校首度赞助校际球队。自那以后，大学通过聘请霍华德·施纳伦伯格、马特·多赫蒂、雷克斯·沃尔特斯和迈克·贾维斯等教练来提高校队的体育竞技水平。2006年，美国大学生竞技董事协会将佛罗里达大西洋大学的体育部门排在全国第79位。这一排名让佛罗里达大西洋步入全美大学体育协会最高级别的326所学府中最好24%的行列，大学的校色分别是FAU蓝、FAU红和FAU银。

2008年，佛罗里达大西洋猫头鹰队在常规赛取得了6胜6负的成绩而获邀参加2008年汽车城杯，猫头鹰队以24比21战胜中密歇根大学，将决赛纪录刷新为两胜无负。之前的一个赛季中，球队在常规赛决赛中击败特洛伊大学而获得参加新奥尔良杯的入场券。这时大学的美式足球项目组建还只有7个年头，也是参加最高级别比赛的第3个年头。在这场比赛中获胜后，佛罗里达大西洋不但创造了全美大学体育协会大学体育项目组建后以最快速度打入最终决赛的新纪录，还创造了最快获得全国冠军的新纪录，大学的声誉也由此得到了激增。

过去的赛季中猫头鹰队的表现为其获得了多项荣誉。2006-2007赛季，其男子篮球队成为全国大学篮球队中的“最佳进攻队伍之一”，其“恐怖的进攻”为之赢得了“最佳投篮球队”的声誉。2010年男子篮球队首次以61比59险胜密西西比州立大学，并以50比42击败南佛罗里达大学，获得了21胜9负的好成绩。

学校的棒球队也获得了全美大学体育协会的认同，在5个团队类别中都评上了前10名。球队的均场本垒打率（1.66）和长打率（.563）均在全国排名第3。2010年，猫头鹰棒球队打出了21胜9负的好成绩，并在决赛中以37比24战胜佛罗里达国际大学赢得常规赛季冠军。