波茨坦大学主体由三个综合校区组成（综合校区I-III），此外还有许多单栋建筑，也属于大学。

综合校区

新宫综合校区I：是大学的核心校区，毗邻波茨坦无忧宫公园。学校最大的阶梯教室（Audimax）即位于此校区。新宫的标志建筑“陪宫（法语：communs）”，如今是哲学学院下的几个学院所在地。这是一座18世纪巴洛克式的建筑，拥有室外阶梯、石柱回廊、圆形穹顶和富丽堂皇的装饰，原先为新宫接待宾客和提供食宿之处，如今是校长和管理机构所在地。此外，体育学系、体育医学系以及数学系，也在新宫校区。

戈尔姆综合校区II：数学和自然科学学院以及人类学学院的大多数专业都位于此校区。他们拥有非常现代和充满新意的建筑，是柏林-勃兰登堡州地区最大的科学园区之一。三家马克斯·普朗克学会的研究所和两家弗劳恩霍夫协会的研究所也位于此校区。企业孵化器“GO:IN”也在这里。

格里布尼茨湖（德语：Griebnitzsee）巴贝斯堡综合校区III：紧邻柏林波茨坦交界处，靠近历史悠久的巴贝斯堡影视基地。法学院、经济学院、社会科学学院都在这个校区。附近的私立挂靠研究所（德语：An-Institut）——哈斯欧·普拉特纳软件研究所（德语：Hasso-Plattner-Institut），HPI），和学院有密切合作。